5. Лекції в Сеговії  

14 грудня 1571 р. Франциск склав у Сеговії урочисті вічні обіти, що було умовою прийняття свячень. У свято Благовіщення, 25 березня 1572 р., був рукоположений єпископом Сеговії Дієгом де Коваррубіасом Лейра. Урочисто відслужив першу месу. Одного разу визнав своїм співбратам: «Мої отці і мої брати, визнаю, що кожного разу, коли служу месу і тримаю в руках Найсвятіше Таїнство, мене проймає подив і та сама несміливість, та сама пошана, які переживав при першій месі». Суарезу довірили викладати філософію в Сеговії (1571-1574). Сеговія належала до найбільших міст Кастилії. Єзуїти з’явились тут у 1559 р. і заложили колегіум. Але після часів розквіту колегіум почав занепадати. Студенти не були дисципліновані. Але Суарез терпеливо слухав їхні запитання, під час дискусій зберігав спокій і рівновагу. В хвилини гніву промовляв: «Усе для того, що краще». Слава молодого професора швидко розходилась. Записки його лекцій розповсюджувались між студентами. Дійшли навіть до Валладолід і Саламанки. З’явились також і перші проблеми. У 1573 р. співбрати почали ставити під сумнів метод і зміст лекцій. Не помічали, що Суарез прокладав нові шляхи. Ставив нові проблеми, піддавав критиці прийняті погляди, давав неочікувані рішення. До провінціала писали скарги й прохання відсунути Суареза від викладання, а його праці піддати суворому контролю. Провінціалом тоді був Іоанн Суарез, той самий, який прийняв його до новіціату і добре його знав. Він приїхав до Сеговії, взяв твори Суареза, віддав критикам і зажадав, аби прокоментували їх пункт за пунктом. Результати були загрозливими. Провінціал стояв перед вибором: слухати мудрих і побожних співбратів або захищати молодого професора, самому наражаючись на можливі проблеми. Нарешті покликав Франциска і повідомив його, що якщо не достосується до загального стилю навчання, то його усунуть з кафедри і дадуть нову місію. 

Франциск вислухав спокійно і представив свою точку зору: До Товариства вступив не для того, аби заблиснути в навчанні і займати шановані кафедри, але для того, аби врятувати свою душу. Припинення навчання було би дрібницею по відношенню до основної мети життя. Але чи буде дрібницею змінити спосіб навчання? Йому йдеться про правду. Навчав не для порожньої слави, але з турботою про правду. Чи буде краще, якщо його слова будуть суперечити думкам? Чи це буде корисно учням, за яких він відповідає? Потім пункт за пунктом спростовував закиди противників, показуючи, що вони надумані і неслушні. Переконав провінціала, який відповів: «Ось так і вчи, вчи якнайдовше. Покладаюсь на допомогу Господа з надією, що на цій дорозі осягнеш добро, якого бажаєш». 

Суарез був консервативним схоластиком щодо методу викладання, у підборі понять і в розумінні філософії як служки богослов’я, але не хотів бути еклектиком, що повторює чужі погляди. Методом викладання були диспути на спірні питання, аргументи за і проти. Всі аргументи Суарез знав досконало. Подібно як св. Фома, у філософії користувався текстами Аристотеля. В коментарях до його Метафізики не дотримувався послідовності оригіналу, але намагався підігнати лекцію до вимагань предмету. В передмові до Метафізичних диспутів стверджує, що є богословом, який хоче встановити основні засновки для потреб богослов’я. Основною ціллю філософії вважав пізнання існування і природи Бога. Хоч основою його богословських праць була Сумма св. Фоми, то він не був ригористичним томістом. З 24 тез, які Конгрегація Навчання у 1914 р. визнала найбільш суттєвими для томізму, Суарез визнавав лише 5. Щодо найважливіших проблем він мав свою думку, яка часто відбігала від загальноприйнятих. Вирішальним чинником були об’єктивні докази, а не авторитети. В дискусії уникав висміювання супротивника, аргументів ad hominem, і докоряв собі за гострі зауваження. 

Коло зацікавлень Суареза було широким. Займався не тільки філософією і її галузями, такими як теорія пізнання, метафізика, психологія, філософія права, але теж соціологією, педагогікою й аскетикою, і передовсім богослов’ям. Отож міг уникнути поверхневості і свої погляди виражати ясно. 

Окрім викладання Суарез займався духовною опікою членів спільноти. Співбрати дуже його цінували. О. Дієго де Окампо говорив: «Можу ствердити, що в своєму довгому житті я не зустрічав нікого, хто би мене так скріплював і заохочував до чеснот прикладом свого життя, гармонією вчинків, досконалістю дій, як о. Франциск Суарез». Інші давали подібні свідчення. Франциск також допомагав бідний і неосвіченим. Часами вирушав до убогого селища, проповідував і катехизував. Захворів на запалення легенів і втратив силу голосу. Не мав здібностей до проповідництва. Проповіді перетворювались у схоластичну лекцію. Коли співбрати просвітили його в цьому, то почав проповідувати лише під послухом з наказу настоятелів. Його покликанням було навчання і писання. 

У 1574 р. Суареза послали до Валладолід. Тоді це місто було столицею Іспанії і центром політичного й культурного життя. Там були трибунали Інквізиції і короля. Університет, заснований в XIII ст., процвітав. Орден Єзуїтів мав дім професів і колегіум св. Амвросія. Суарез розпочав викладати богослов’я. Також молодим єзуїтам давав вправи, додаткові курси, і все робив досконало. Служив для студентів меси. Написав працю Шість днів створення. Уникав непотрібних зустрічей і розмов. Затоваришував з Людовиком де ля Пуенте, з який розділяв погляди щодо недосяжної святості Марії. 

У Валладолід мав ті самі труднощі, що й в Сеговії. У 1579 р. до кастильської провінції приїхав з візитацією о. Дієго де Авелланеда, конфліктна людина. Під впливом інтриг професорів Рівери і Михаїла Маркоса написав лист до генерала Ордену Еверарда Меркуріана, дораджуючи негайно відсунути Суареза від навчання. Суарез написав довгий лист до Меркуріана, пояснюючи свою ситуацію. Справа зводиться до двох пунктів: перше, викладаючи богослов’я, намагається йти за загальнішою і певнішою думкою; друге, погану репутацію викликав метод, який він застосовує. Коли інші повторювали різними способами загальні твердження, то він намагається йти в глибину, дійти до правди. І тому користується іншими аргументами, торкає нові теми, підмічає нові перспективи. 

Суареза захищали співбрати з провінції. Написали до провінціала, що наука Суареза є новою, але так підтверджена аргументами, що її не слід відкидати. З Риму також прийшли позитивні думки. Буря вщухла.