4. Богословське навчання  

Після новіціату Суарез відразу розпочав курс богослов’я (1566-1570) в Саламанці. Тоді помітив, що має великі браки у філософії. Почав самостійно надолужувати недоліки в філософії. Вже тоді з’явився перший нарис його метафізики, який пізніше розширив і опублікував. Він зайнявся також проблемами морального богослов’я. Його нотатками користувались також і професори, готуючи свої лекції. Суарез виріс, навчався і працював у країні, яка в XVI ст. у царині релігійної культури належала до найактивніших у Європі. Іспанія видала св. Ігнатія Лойолу, св. Іоанна від Хреста, св. Терезу від Ісуса. Шкільництво в Іспанії XVI ст. було винятковим. Життя іспанців було просякнуте католицькою релігією, загартованою у боротьбі з маврами. Уміло боролися з єресями, які шарпали Францію та Німеччину. Не було релігійних воєн. Не треба було битв і полеміки. Вся енергія богословів спрямовувалась на поглиблення і розвиток догм. Саламанка стала колискою нової схоластики. На філософському факультеті, де навчався Суарез, були два види кафедр: catedras de propriedad і catedras menores (catedrillas). До перших належали кафедри Святого Письма, кафедра богослов’я, на якій викладали вранці, і вечірня кафедра вечірнього навчання. Другорядні кафедри називались: св. Фоми, Дунса Скота і Номіналістів. Існували також допоміжні кафедри. Це свідчило про різноманітність навчальних програм і поглядів. Св. Фома тоді вважався учителем Ордену Домініканців. У другій половині XVI ст. єзуїти ввели його до своїх навчальних програм, тоді він став популярним. Домініканці зробили багато для розвитку науки в Іспанії. Найвідомішим був Франциск де Вітторія, який у 1544 р. викладав богослов’я в університеті Саламанки і вважався відновником схоластики. Він користувався Святим Письмом, Соборами, Отцями Церкви і св. Фомою Аквінським. Франциск Суарез слухав лекції його наступника, домініканця Манчьо, який прихильно ставився до нового Ордену Єзуїтів, а також лекції августинця Іоання Геварри, коментатора Петра Ломбарда. Початкові труднощі Суареза виникали з того, що йому було недостатньо диктантів професора; він хотів поглиблювати знання і зрозуміти проблему, а не тільки бездумно повторювати матеріал. 

Спочатку єзуїти не мали наміру закладати школи, хотіли займатись проповідництвом і харитативною діяльністю. Але скоро виявилось, що найважливішою справою для Церкви є правильне виховання і освіта молоді. Єзуїти ввійшли до існуючих університетів і почали закладати свої навчальні заклади. Спочатку це відбулось у Португалії. Король Іоанн ІІІ довірив їм навчання філософії та богослов’я в Коімбрі. Першим єзуїтом, який там навчав від 1555 р., був Петро Фонсека. У своїх викладах він опирався на Аристотеля. Його справу продовжували інші єзуїти. Їхнім спільним доробком були великі коментарі до Аристотеля. У своїх викладах вони звертались до традиції томістичної схоластики, але інтерпретували її вільно, у той час як домініканці тримались св. Фоми більш ригористично. 

Франциск де Вітторія вніс великий вклад у розвиток богослов’я в Саламанці. Він був назначений регентом генеральних студій домініканців, з 1526 по 1544 рр. керував кафедрою богослов’я. Помер у 1546 р. Вітторія реформував теологічне навчання, повернувши властиву роль Святому Письму, і обминав другорядні питання. Опрацьовував коментарі до Сумми св. Фоми, і його слідами пішли інші. Наступником Вітторіо був Мелхіор Кано, після нього Домінік Сото. Єзуїти поширювали дух Саламанки. Вони належним чином оцінювали вагу богословсько-філософських студій; їхня чернеча молодь горнулася до науки. Нажаль Орден Єзуїтів зустрівся з різноманітними труднощами і перешкодами з боку наукових кіл. Університети, боячись втратити студентів, чинили опір в Іспанії й інших країнах. Також колегіум єзуїтів у Саламанці пройшов через труднощі. Єзуїти ще не мали своїх професорів. Їм не дозволяли брати участь у професорських конкурсах. Своїх клериків посилали до інших шкіл. Потім погодились приєднати колегіум до університету, нарешті відкрили свої курси. З часом почали викладати на університеті, спочатку спорадично, потім постійно, особливо коли в 1665 р. Филип IV і Малгожата Австрійська зафундували дві єзуїтські кафедри. 

Під час перших років навчання Франциска Суареза (1566/67 до 1569/70) колегіум у Саламанці був у першій фазі розвитку. Єзуїти слухали богословські лекції на університеті, а керівником кафедри був домініканець Хуан Манчьо, наставлений прихильно до єзуїтів. Він поважав талант Суареза. Проблеми, які піднімав Франциск, були твердим орішком не тільки для студентів, але й для самого професора. Вечірньою кафедрою керував августинець Хуан де Гевара. Під кінець навчання Суарез слухав лекції єзуїта Генрика Генрікеза. Велику роль у навчанні відігравали семінари й диспути, які збирали величезну кількість студентів. Університетам загрожувало деяке скостеніння. Не можна було критикувати певних думок і тез. Студенти переписували старі лекції, пробували укомплектувати їх, просили в батьків гроші на них. Переписування і продаж лекцій стала добрим заробітком. Також професори не завжди були оригінальними. Часто диктували текст, написаний кимось іншим. Записування лекцій і переписування зошитів гальмувало швидкість і самостійність мислення. Говорилось: Якщо впаде листок, то разом з ним і знання. Реформатори, які прагнули щось змінити, сприймались погано. 

Суарез не піддався цій загальній тенденції. Вивчав праці великих богословів, порівнював теорії. За основу взяв св. Фому, але йому також подобався Дунс Скот, особливо з огляду на його побожність до Богородиці. До всього, що читав, намагався підходити критично й творчо. Записував свої роздуми. Говорили, що один з професорів, Дієго де Акоста, закрадався часом до його келії, аби почитати нотатки і використати їх у своїх лекціях. Так учень став учителем свого вчителя. 

Суарез вивчав також і поза програмою. Зрозумів, що без знання філософії займатись богослов’ям не можна. А оскільки шкільна програма була дуже обмеженою, то сам почав працювати над проблемами філософії буття, а те, що написав у віці 20-22 років, пізніше стало основою двотомних Метафізичних диспутів. 

Образ життя єзуїтських клериків у Саламанці буде неповним, якщо не згадаємо про їхні релігійні практики, молитви, покути, душпастирство серед студентської молоді, реколекції поза програмою, прощі і діяльність у релігійних спільнотах, харитативну працю. Добрий приклад давав ректор Мартин Гутіррез. Він мав велику побожність до Богородиці, заохочував до неї й студентів. Єзуїти колегіуму в Саламанці урочисто зобов’язались усіма доступними способами захищати непорочне зачаття Пречистої Діви. Нічого дивного, що Суарез, живучи в такій атмосфері, першу свою працю присвятив Божій Матері. 

Завдяки старанням Гутірреза колегіум у 1570 р. приєднали до університету. Завдяки цьому єзуїти змогли покращити свою фінансову ситуацію і брати участь у публічних диспутах. У 1571 р. з’явилась перша нагода. Суарез взяв участь у диспуті. Для захисту тези вибрав тему благодаті, якою Бог обдарував Пресвяту Богородицю. Керівник диспуту о. Манчьо не хотів з цим погодитись. Вважав тезу новаторською, отож небезпечною. Але Суарез говорив, що ця теза опирається на Святе Письмо, Отців Церкви, і виклав проблему з такою ерудицією і глибиною, з такою ясністю ума, покірністю й скромністю, що збудив до себе загальну симпатію. 

У серпні 1570 р. Франциск закінчив курс богослов’я. В той час родина Суарезів зазнавала різних бід і нещасть. У 1567 р. померла мати, в 1570 батько. Бунт маврів у 1568 р. спричинив великі втрати в родинному маєтку. Поля були спустошені, багато будинків спалено. Франциск подався в родинні краї, щоб залагодити справи зі спадком. Свою частину спадку віддав братові Хуанові Васкезові де Толєдо, бо він найбільше постраждав. При нагоді взяв участь у богословському диспуті в університеті в Гренаді. Успіх був великим. Архієпископ Петро Герреро похвалив Франциска і заохочував використовувати свої таланти на славу Бога й Ордену. Потім Франциска вислали до Сеговії.