4. Засновник єзуїтських колегіумів у Полоцьку, Ризі й Тарту  

У Вільні Скарга також намагався розвивати місіонерську діяльність далеко на схід Речі Посполитої. На заклик Стефана Баторія у липні 1579 року він перебував у королівському таборі під час Полоцького походу на Москву. Трьохденне перебування у таборі супроводжувалося багатим досвідом. У свято св. апостола Якова (25 липня) Скарга співслужив св. месу, яку відправляв Мартин Лятерна. Розмовляв з королем, виголосив коротку, але сувору гомілію про знищення Єрусалима. Під час вечері до приміщення, де був Баторій, потрапив московський снаряд, випущений з Полоцького замку, і, відбившись рикошетом від стін, впав на тарілку на столі. Скарга, запитаний Баторієм про значення цієї події, серйозно відповів, що це – запрошення москалями короля на вечерю до Полоцька. Баторій тоді пообіцяв Богові, що якщо це здійсниться, то зафундує єзуїтам такий колегіум, якого ще ніколи не мали. Після повернення Скарги до Вільна Полоцький замок здобули, а королеві не залишилося нічого іншого, як виконати свою обіцянку. 

На чолі нового колегіуму став Скарга, який ще й виконував обов’язки ректора Віленської Академії. Акт фундації колегіуму в Полоцьку Баторій оголосив 20 січня 1582 року у Вільні. Але на цьому справа не закінчилася, бо король і єзуїти повинні були боротися із численними ворогами колегіуму, якими були іновірці. Найбільше перешкоджав місцевий воєвода, кальвініст Микола Дорогостайський, який не тільки неприхильно ставився до колегіуму, але завзято воював з Товариством Ісуса і католицькою вірою взагалі. Король підтримував єзуїтів, але це не впливало на Дорогостайського, який розумів значення нового закладу і підбурював проти нього литовську шляхту і мешканців міста. Колегіум був католицькою дидактично-виховною фортецею, висунутою найдальше на схід, і засобом для поширення католицизму на землях, позбавлених шкіл, де більшість населення визнавала православ’я. Колегіум давав можливість впливати на православну молодь і її батьків, розвивати пасторальну працю як у місті, так і в цілому воєводстві, де болюче відчували брак католицьких священиків. Фундація у Полоцьку була лише однією ланкою великого ланцюга намірів короля, який прагнув охопити сіткою таких колегіумів усю Річ Посполиту, а особливо території, які найбільше піддалися реформації: Інфлянтське воєводство, Семигород і Литву. Завдяки єзуїтським колегіумам Стефан Баторій хотів виховати освічену шляхту і піднести інтелектуальний рівень усього суспільства. Це було однією із основних умов створення сильної і здорової держави. 

Реалізовуючи задуми монарха, Скарга за дорученням короля оснував єзуїтські колегіуми також у Ризі й Тарту. Це не було легким завданням. Столиця Інфлянт або Лівонії Рига, колись королівське місто, після потоків реформації, які пройшли по ній, перебувала майже повністю у протестантських руках. Католиками тут були лише подорожани – німецькі купці або королівські урядники. У місті були значні костели: кафедральний Божої Матері, парафіяльний св. Петра і найстарший та найменший з усіх – св. Якова. До нього прилягав монастир цистерціанок св. Бенедикта разом із монастирським костелом св. Марії Магдалини. 

Стефан Баторій перебував у Ризі 8 тижнів – від 12 березня до 2 травня 1582 року. Його супроводжували Ян Замойський, сенатори, лівонський князь Готтхард Кеттлер, представники інфлянтської шляхти, Жмудський єпископ Мелхіор Гєдройц, Віленський єпископ Юрій Радзівіл та єзуїти: Мартин Лятерна і Петро Скарга. 24 березня король урочисто привітав Антонія Поссевіно, папського легата, який приїхав брати участь у нарадах. Метою короля була реорганізація адміністрації і впорядкування міжконфесійних стосунків на повернених землях. Баторій хотів створити на Інфлянтах не лише церковну адміністрацію, але й єзуїтські колегіуми. 

Незважаючи на опір з боку міської ради і мешканців Риги, які побоювалися надмірного впливу єзуїтів у столиці Інфлянт, у квітні 1582 року єзуїтам передали два костели. За підтримки короля вони отримали найстарший костел св. апостола Якова (сьогодні це католицька катедра), сім будинків і костел св. Марії Магдалини. Король хотів ослабити протестантську релігію, яку визнавала шляхта і міщани німецького походження, які з симпатією ставилися до Швеції, яка суперничала на цих землях з Польщею. Завдяки воскресінню католицизму сподівалися на тісніший зв’язок мешканців Інфлянт з Річчю Посполитою, а завдання рекатолизації цих земель доручили єзуїтам. 

Як пише С. Чєсляк, автор монографії про Мартина Лятерну, в суботу перед Квітною Неділею (7 IV 1582) Жмудський єпископ Мелхіор Гєдройц поновно освятив костел св. Якова. Відспівали гімн TeDeumlaudamus і відслужили св. Месу, в якій брав участь король разом із супроводжуючими його особами. Мартин Лятерна виголосив проповідь на латинській мові, а Петро Скарга – на польській. Наступного дня, у Квітну Неділя, єпископ Гєдройц освятив монастирський костел св. Марії Магдалини. Упродовж Страсного Тижня і на Пасху король, разом із своїми достойниками, приходив два рази на день до костелу св. Якова. Брав участь у літургійних обрядах, молився і читав у костелі. У Страсний Четвер супроводжував Пресвяті Дари до Господнього гробу, а в Страсну П’ятницю з надзвичайною покорою адорував святий Хрест. Велику ревність короля наслідували усі дворяни, більшість з яких були католиками. Скарга і Лятерна невтомно сповідали. Поділили працю на амвоні: у святкові дні Скарга проповідував і навчав польською мовою тричі на день великі маси народу, натомість Лятерна проповідував латинською мовою для короля і його двору. Побожність Стефана Баторія і його двору, багаті літургійні обряди і проповіді єзуїтів мали великий вплив на протестантський німецький народ. Єзуїти поєднали з католицькою Церквою багато іновірців. 

У Страсну П’ятницю, 13 квітня 1582 року, єзуїти зайняли сім будинків, які належали до костелу св. Якова, шість з яких до цього часу займали лютеранські пастори. Виконуючи обіцянку, король заснував єзуїтський колегіум. До нових домів Скарга і Лятерна запросили співбратів із Бранєва та інших місць. Король призначив Скаргу польським проповідником і радником єпископа Радзивила. Скарга, як Віленський ректор, керував будинками в Полоцьку й Ризі. 

Перед від’їздом Стефан Баторій назначив Віленського єпископа Юрія Радзивила своїм намісником в Інфлянтах, дав йому королівські повноваження і доручив запровадити мир і захищати католицьку релігію від протестантів. Наступного року, після кількаденних реколекцій під керівництвом Петра Скарги і Мартина Лятерни, Юрій Радзивил був рукоположений у сан священика і отримав єпископську сакру. 

Окрім колегіуму в Ризі король дозволив єзуїтам відкрити колегіум у Тарту. Петро Скарга й інші єзуїти були першими католицькими священиками в Інфлянтах після 70-и річної перерви. Вони поклали фундамент майбутнього розвитку Ордену на цих землях. Але це відбувалося не без спротиву. Рішення короля не подобалися протестантам, які відверто показували свою ворожість, писали доноси на єзуїтів і на намісника Юрія Радзивила, писали пасквілі. Пастори обзивали ченців з амвон, на вулицях у них кидали каміння. Найбільший бунт проти єзуїтів вибухнув у Ризі в 1584 році, коли Юрій Радзивил запровадив календар Григорія XIII (так званий календарний бунт). Атаки різновірців були спрямовані, в першу чергу, на єзуїтів, в яких бачили авторів реформи.