3. Єзуїт. Віленський період  

У січні 1569 року Петро Скарга прибув до Риму. В день свого народження розпочав дворічний новіціят у єзуїтів, не позбавлений – як пізніше напише – «поганих звичок». Підпорядкувати себе правилам дисципліни і послуху, які були обов’язковими в Ордені, було нелегко. Він, запальний холерик, повинен був багато над собою працювати. Але настоятелі дали йому позитивну характеристику, наголошуючи на його таланті проповідника і ораторських здібностях. Із навчання в Римі Скарга виніс чудове знання творів Отців Церкви й досконало опановану класичну латину. Також пізнав діяльність і організацію різноманітних добродійних закладів, які пізніше переноситиме на польський грунт. 

Після повернення до краю став одним із чільних промоторів потридентського руху в Польщі. Спочатку працював як викладач і проповідник у єзуїтському колегіумі в Пултуську. З його кореспонденції висновуємо, що там не почував себе найкраще. Можливо, що його перевели до Вільна за власним проханням. У 1573 році почав виконувати функції віцеректора єзуїтського колегіуму, а після 1 серпня 1579 року, коли настоятеля Якова Вуйка відправили з місією до Семигороду, – першого ректора Віленської Академії, яка виросла з колегіуму. 

Тут Скарга готувався до останніх чернечих обітів. В Ордені єзуїтів священики, які склали три урочисті обіти – вбозтва, чистоти, послуху й четвертий особливий обіт послуху Понтифіку у справах місії, називалися професами чотирьох обітів. Склавши їх, Скарга став професом – справжнім членом Товариства Ісуса. 

У Вільні майбутній королівський проповідник ревно розпочав контрреформаційну діяльність. Один із результатів діяльності: підканцлер Великого князівства Литовського Лев Сапіга перейшов на католицьку віру. Він народився у православній родині, але під час навчання у Лейпцигу прийняв лютеранство. На королівському дворі працював у канцелярії. Наверненню на католицизм сприяла як атмосфера двору, так і проповідники Стефана Баторія, які дискутували з ним на релігійні теми. Також великий вплив мали особисті контакти з відомими єзуїтськими «ловцями душ»: Петром Скаргою, Мартином Лятерною і богословом Антонієм Аріасом, іспанцем. Лев Сапіга перейшов на католицизм між 23 квітня і 24 червня 1586 року. Але головну роль у його наверненні відіграв Петро Скарга, який розмовляв із ним сім днів. Навернення Льва Сапіги, від 1589 року великого Литовського канцлера, було великою подією в Литві й безпосередньо позначилося на релігійних переконаннях народу. З огляду на заслуги в рекатолизації Литви великого канцлера Великого князівства Литовського Льва Сапігу пізніше назвали другим, після Ягайла, фундатором католицької Церкви в Литві. Своїм існуванням йому завдячують єзуїтські колегіуми в Орші й Берестю, кармелітський монастир у Бєлиничах, костел св. Михаїла Архангела і монастир кларисок у Вільні. 

Як один із найталановитіших полемістів католицької контрреформації, Скарга опублікував праці: ProSacratissimaEucharistia ... (1576), С ім стовпів, на яких стоїть католицька наука про Пресвяте Таїнство Вівтаря... (1582) і Artesduodecimsacramentariorumseuzvingliocalvinistarum ... (1582). Рівень дискусій з кальвіністським богословом Андрієм Воляном, які точилися на сторінках цих праць, був вищий, ніж у творах інших авторів доби контрреформації. Також на амвоні – як наголошує Й. Тазбір – Скарга був набагато вимовнішим від інших проповідників. У 1581 році закликає навіть Віленського єпископа Андрія Радзівіла бути «гострим мечем для єретиків». У вогні живих релігійних дискусій зміцнював серед католиків культ Пресвятих Дарів, з яким боролися протестанти. З цією метою у 1573 році заснував Братство Божого Тіла, яке, черпаючи духовні сили з Євхаристії, повинно було ефективно виконувати діла милосердя щодо душі, навертаючи іновірців, і вчинки милосердя щодо тіла, піклуючись хворими й убогими. Члени братства повинні були боротися також із суспільними гріхами: пияцтвом і розпустою. Успіхи братства були дивовижними. У Польщі єзуїти першими почали пропагувати сорокагодинне чування з виставленням Пресвятих Дарів. Перед лицем багатьох внутрішніх і зовнішніх небезпек, таких як напади турків і татар на землі Речі Посполитої, війни з Швецією та Москвою, вони хотіли у такий спосіб випросити Боже благословення для батьківщини. 

Скарга працював також у справі з’єднання православної Церкви з католицькою. На цю тему написав працю: Про єдність Божої Церкви під єдиним пастирем і про відступ греків від цієї єдності… (Вільно 1577), яку присвятив Костянтинові Острозькому, головному захисникові православ’я в Польщі. У церковному розколі Петро Скарга звинувачував передовсім православних, яких закликав підпорядкуватися папі, зберігаючи свою обрядову тотожність. Друге видання праці вийшло у 1590 році в Кракові під титулом: Про уряд і єдність Божої Церкви під єдиним пастирем і про відступ греків і русинів від цієї єдності. У вступі Скарга нагадує королеві Зигмунтові ІІІ, що обов’язок християнських володарів – підтримувати зусилля, спрямовані до церковної єдності. 

Діяльність Скарги сприяла Берестейській Унії, яка відбулася у Брест-Литовську в 1595 році за участю православних, які мешкали на східних теренах Речі Посполитої. Вирішальними були не лише релігійні мотиви. Головна причина Унії – зростання могутності російських царів і створення у 1589 році Московського патріархату, який обійняв під свою юрисдикцію православних на землях Речі Посполитої. Остаточно умови Унії усталили на синоді в Брест-Литовську в жовтні 1596 року. Після підписання угоди королем Зигмунтом ІІІ Вазою і підтвердження її папою Климентієм VIII митрополит Михайло Рагоза, п’ять єпископів і три архимандриди склали на синоді визнання віри і послух папі. Уніати зберегли православну літургію, юліанський календар і жонате священство.